Z-CERT is een stichting met een platte organisatiestructuur. De organisatie staat onder leiding van de directeur. De Raad van Toezicht kijkt naar het beleid van de directie en houdt toezicht op de continuïteit van de organisatie. Stichting Z-CERT bestaat uit vier teams met elk een eigen manager.
De directeur en de managers vormen samen het managementteam van Z-CERT. Nieuwe ontwikkelingen binnen Z-CERT worden periodiek getoetst bij de Deelnemersraad.
Operations geeft ondersteuning bij cyberincidenten en informeert en adviseert deelnemers bij nieuwe kwetsbaarheden en dreigingen.
Relations onderhoudt de relatie met deelnemers en beheert de kennisagenda van Z-CERT.
IT is verantwoordelijk voor de interne IT-ontwikkeling en het beheer van de IT-systemen.
Bedrijfsvoering voert diverse ondersteunende taken uit, zoals bedrijfsvoering (inclusief directieondersteuning), communicatie, financiën, facilitair en personeelszaken.
